O Ato Institucional número 1, decretado em 9 de abril de 1964, pelo qual o Brasil mergulhou em um período de repressão, suspendeu os direitos políticos de muitos cidadãos por uma década, incluindo militares e legisladores. Sob essa atmosfera de medo e repressão, Moreira Lima, acusado de ser comunista, resistiu à entrega da Base Aérea de Santa Cruz, no Rio de Janeiro, e foi preso pela primeira vez.

Apesar de sua heroica participação na guerra, sua carteira de voo foi confiscada, e sua carreira militar foi interrompida. Sob o regime ditatorial, a luta por seus direitos tornou-se um desafio impossível de ser enfrentado nos tribunais comuns, devido ao Artigo 181 da Constituição de 1967, que protegia os atos do governo militar de escrutínio judicial.

O brigadeiro enfrentou prisões arbitrárias, tortura psicológica e condições desumanas durante seu encarceramento. Em uma ocasião, ele foi mantido em um porão de um navio de tropas, onde as condições eram tão precárias que chegou a fazer greve de fome. Mesmo após sua libertação, as perseguições continuaram, com sua família sofrendo ameaças e hostilidades.

Após décadas de luta e injustiça, a promoção póstuma a tenente-brigadeiro-do-ar, concedida em 2016 pelo então presidente Michel Temer, foi posteriormente revogada pela Advocacia Geral da União em 2019. A justificativa alegada foi que Moreira Lima não era piloto, ignorando sua bravura e contribuição para o país durante a guerra.

A vida de Rui Moreira Lima, documentada em livros e biografias, é um testemunho das injustiças cometidas sob o regime militar brasileiro. Seu legado como um dos primeiros membros da Força Aérea Brasileira e sua coragem durante a guerra são inegáveis, contrastando com a crueldade e arbitrariedade do governo que o perseguiu até o fim de seus dias.